با گسترش اعترضات مردمی
و افزون بر یک سال پس از آزادی مهدوی کنی از زندان، به تدریج زمزمه ورود امام خمینی به ایران پیچید و مبارزان سیاسی در تدارک
استقبال از وی برآمدند که در کمیته ای که به
همین منظور شکل گرفت، مهدوی کنی جزو اعضای اصلی بود .بعد از پیروزی انقلاب ، برخی
از فعالان پیشنهاد تشکیل کمیته ای را به منظور حفظ دستاوردهای انقلاب به امام خمینی
ارایه دادند که معمار انقلاب اسلامی نیز طی حکمی مهدوی کنی را مسؤول تشکیل کمیته کرد.
وی نیز بعد از دریافت حکم در ساختمان مجلس شورای ملی سابق مستقر شد و مدتی بعد شورای
مرکزی کمیته انقلاب اسلامی با عضویت مهدوی کنی، اسلامی، اصغر نوروزی و مرتضی الویری
تشکیل شد.این سمت، علاوه بر مسؤولیتی بود که وی در شورای انقلاب داشت.
مهدوی کنی پس از عبور از پیچ خم های ماه های نخستین انقلاب در مقام رئیس کمیته انقلاب اسلامی، در اول اسفند ماه 1385 نیز به موجب حکم امام خمینی به عنوان یکی از فقهای شورای نگهبان قانون اساسی انتخاب شد که این انتخاب مجددا در اسفند ماه 1360 نیز تکرار شد.
بعد از وقوع درگیری بین هوادارن بنی صدر و مخالفان او در دانشگاه تهران ، هیأت حل اختلافی از سوی امام تعیین شد که مهدوی کنی و شیخ محمد یزدی نیز از اعضای آن بودند.
همچنین با انفجار دفتر نخست وزیری و شهادت رجایی و باهنر مهدوی کنی پیشنهاد دوستان خود را برای اداره کشور پذیرفت و دولت موقت را تشکیل داد. کابینه ای که عمر آن تا زمان برگزاری انتخابات سومین دوره ریاست جمهوری دوام یافت.پس از انتخاب آیت الله خامنه ای و تشکیل دولت مهندس موسوی، مهدوی کنی به امور کمیته پرداخت،اما بعدها با ناطق نوری وزیر کشور جدید، در خصوص نحوه اداره کمیته انقلاب و واگذاری آن به وزارت کشور اختلاف پیدا کرد و در نهایت مجبور به استعفا شد. با بروز اختلافات میان دولت و روحانیون بر سر تعدادی از لوایح ارسالی، مهدوی کنی که چهره شاخص جناح راست و جامعه روحانیت مبارز بود از سوی امام مأمور حل اختلاف روحانیون بر سر مسایل اقتصادی شد. در دومین دوره ریاست جمهوری آیت الله خامنه ای نیز عده زیادی از طیف راست و منسوبان آنان در مجلس، پیشنهاد نخست وزیری مهدوی کنی را مطرح کردند اما در سوی مقابل، با ارسال نامه شماری از نمایندگان خطاب به امام که درخواست تمدید دوره نخست وزیر میرحسین موسوی را داشتند این پیشنهاد عملی نشد.
او در جریان برگزاری انتخابات هفتمین دوره ریاست جمهوری نیز از نامزد پیشنهادی جناح راست یعنی ناطق نوری حمایت کرد. این مسأله از این حیث جالب توجه بود که سوابق نشان می داد که اختلافات زیادی بین این دو در جریان واگذاری کمیته به وزارت کشور وجود دارد.بعد از انتخابات سال 76، مهدوی کنی بیشتر به فکر اداره دانشگاه امام صادق (ع) و تولیت مدرسه مروی بوده است.. وی بعد از مدتی ، دوباره برای حضور مجدد و موثر در عرصه سیاست بر سر ذوق آمد با حضور در انتخابات میان دوره ای جلس خبرگان حضور پررنگ تری در معادلات سیاسی ایفا کرد.
مهدوی کنی در جریان نهمین دوره انتخابات ریاست جمهوری نیز از جامعه روحانیت خواست تا با عدم حمایت از احمدی نژاد، حمایت علنی خود را از هاشمی رفسنجانی در ماراتن انتخابات اعلام کنند. همچنین در آستانه دهمین انتخابات ریاست جمهوری مهدوی کنی اعلام کرد اگر حسن روحانی به عنوان کاندیدان انتخابات ریاست جمهوری مطرح شود، جامعه روحانیت مبارز نیز تنها از یک کاندیدا روحانی حمایت خواهد کرد.
پس از انتخابات دهم ریاست جمهوری نیز از آیتالله مهدویکنی برای اعمال میانجیگری در ایجاد این وحدت دعوت شد که با گام های عملی مرد پشت صحنه محافظه کاران روبرو شد. مهدوی کنی که حوادث پس از انتخابات نشان می داد مقبولیت او از سوی طیفهای اصولگرا و تعدادی از جریان های اصلاحطلب پذیرفته شده است، کمر همت به ایجاد وحدت ملی بست اما با گذشت 4 ماه از حضور پر رنگ او در عرصه ایجاد وحدت ملی، هنوز نتیجه متقنی از تلاش های مهدوی کنی قابل مشاهده نیست.